Santa Cruz de Yangüas está situado a una altitud de 1224m, con una extensión de 3368 Has en la zona de Tierras Altas al Norte de la provincia. Se accede desde Soria por la N-111, tomando el desvío en la SO-615 para finalmente cotinuar por la SO-P-1103.

Está ubicado en la cuenca formada por el río Baos en la confluencia con el Arroyo Peña Colorada.

Los Montes de Santa Cruz albergan un denso bosque mixto de pinos silvestres en su mayoría, aunque también aparecen robles y hayas, algunas centenarias y con espectaculares portes.

Su término municipal está dentro de la Reserva Regional de Urbión, existiendo importantes recursos cinegéticos entre los que destaca el ciervo, el corzo, el jabalí y la becada.

Cuenta con importantes recursos forestales y micológicos. 

Gran parte de su término municipal está incluido en la Red Natura 2000 dentro del LIC Sierra de Urbión que integra los espacios designados como ZEPAS por la Directiva de Aves y los espacios designados para el cumplimiento de la Directiva de Habitas conocidos en su primera fase como Lugares de Importancia Comunitaria o LIC. El objetivo de esta red es asegurar un estado de conservación favorable para habitats y especies.